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Nel 1376, anno della morte di Mariano IV, salì al trono arborense il figlio primogenito Ugone III de Bas-Serra. Valente uomo d'azione, diede prova di notevoli capacità legislative e, seguendo le orme del padre, emanò alcune ordinanze per la città di Sassari e inasprì alcune pene contenute nella Carta de Logu. Più risoluto del padre nella guerra contro i catalanoaragonesi, contrario a qualsiasi compromesso, probabile che ad un certo punto, isolato e incompreso, egli abbia abusato dei suoi poteri per far fronte al diffuso malcontento che serpeggiava tra i suoi sudditi, bisognosi di un lungo e agognato periodo di pace. Come il suo antenato Giovanni I de Bas-Serra, Ugone III, insieme alla sua unica figlia, Benedetta, nel 1383 venne assassinato durante un tumulto. In seguito all'accaduto, la Corona de Logu, assemblea dei maggiorenti dello stato, chiamò a governare sua sorella, Eleonora de Bas-Serra, che intorno al 1376 aveva sposato il genovese Brancaleone Doria. Dall'unione matrimoniale col nobile Doria erano nati due figli maschi, Federico e Mariano. Eleonora regnò come giudicessa “reggente” e non di diritto, in quanto così era previsto dalla legislazione sarda medievale, in nome e per conto dei figli minorenni, prima di Federico, poi, dopo la sua morte prematura, del futuro Mariano V.

Eleonora morì nel 1403-1404, probabilmente a causa della peste. Sotto la sua reggenza del governo arborense la lotta contro i catalano-aragonesi continuò aspra e agguerrita, finché non si giunse al trattato di pace del 1388, con il quale ella dovette scendere a patti con l'Aragona e cedere parte delle terre conquistate. La pace, però, offrì sia all'Arborea che al regno di Sardegna e Corsica una irripetibile occasione per riorganizzarsi. Ci fu, quindi, un breve periodo di tranquillità politica, durante il quale Eleonora poté dedicarsi all'aggiornamento della Carta de Logu. Dal 1392-93 il giudice Mariano V, emancipatosi dalla reggenza materna, governò il regno, anche se dalle fonti documentarie appare chiaro che a far politica e a condurre la guerra contro gli iberici fu sempre il padre Brancaleone. Alla morte del giovane Mariano V, avvenuta quand'era ancora celibe nel 1407, il trono giudicale fu offerto dalla Corona de Logu a Guglielmo III Visconte di Narbona-Bas, discendente di Beatrice, sorella di Eleonora, andata in sposa nel 1363 ad Amerigo VII, Visconte di Narbona.

Con lui l'Arborea visse gli ultimi istanti della sua vita plurisecolare, prima di cedere per sempre alle forze nemiche. La guerra, infatti, ripresa con vigore nel 1391 da Eleonora, Brancaleone e Mariano V, era proseguita senza soste rilevanti fino alla sconfitta arborense, presso Sanluri, il 30 giugno 1409. Trasformato in marchesato, feudo della Corona d'Aragona, il giudicato d'Arborea finì di esistere di diritto nel 1420, quando Guglielmo III cedette per 100.000 fiorini d'oro i suoi diritti al trono arborense al re aragonese Alfonso V Il Magnanimo.